6月29日，生態環境部環境監察局局長田為勇在生態環境部6月例行發布會上通報了黑臭水體專項行動第一批督查結果：第一批督查發現，截至2017年12月底，廣東、廣西、海南、上海、江蘇、安徽、湖南、湖北等8省(直轄市)20市上報共有黑臭水體525個，均已列入國家清單，地方上報已完成整治458個。經督查組現場檢查判定，其中34個為未消除黑臭，占7.4%。9個城市存在上報已完成整治但仍未消除黑臭的水體，分別為：南寧11個，十堰9個，東莞5個，深圳3個，武漢2個，廣州、蕪湖，岳陽和隨州各1個。

現場督查發現，一些地方存在尚未向國家上報的黑臭水體，包括：廣州102個、深圳80個、無錫18個、揚州14個、東莞12個、上海11個、蕪湖2個，南京、武漢、隨州各1個，共242個。

現場督查發現，黑臭水體治理主要存在以下問題：

控源截污不到位。督查期間發現存在控源截污不到位方面的問題共分5大類，190個，涉及92個水體。主要體現在存在非法排污口、城鎮污水管網不配套、污水處理能力不足、截流的污水未經處理異地排放、雨污合流等方面。底泥污染未得到有效解決。督查期間發現14個城市41個黑臭水體重污染底泥未得到有效清除，69個黑臭水體清理出的底泥隨意堆放。沿河傾倒垃圾問題突出。現場督查發現36個黑臭水體河面存在大面積漂浮物，64個黑臭水體河岸存在大量隨意堆放的垃圾。

針對上述問題，田為勇表示，生態環境部將印發督辦函，將專項督查期間發現的問題移交地方，要求限期整改并向社會公開，實行“拉條掛賬，逐個銷號”式管理。

5月下旬起，對北京等11省(直轄市)26個城市的黑臭水體整治情況開展了第二批督查。目前，正在對遼寧等11省(區)24個城市的黑臭水體整治情況開展第三批督查。